Este Museo se instala en el Colegio de San Luís Gonzaga, prominente institución de educación secundaria nacional, la más antigua del país, y tiene como primer administrador al profesor Elías Leiva Quirós, brillante figura de la educación nacional de primera mitad del Siglo XX, en cuyo honor se rebautiza el Museo en el año de 1965 como Museo Histórico Etnográfico Elías Leiva Quirós. Es uno de los tres museos más antiguos del país y también está escrita la historia que han heredado las presentes generaciones de docentes, administrativos y estudiantes del Colegio de San Luís Gonzaga. Es parte del Programa de Museos Regionales y Comunitarios del Museo Nacional de Costa Rica, participando de manera activa como facilitador.

Corría el año de 1932 en la Ciudad de Cartago. Ahí, se celebraba un aniversario más del decreto firmado 63 años antes, en 1869, el cual señalaba la educación costarricense como pública y obligatoria. En esta provincia, con motivo de tan importante fiesta nacional, un grupo de personas vinculadas a la educación decidieron reunir diversas “curiosidades” y reliquias históricas en la escuela Jesús Jiménez, para montar una exposición que sirviese de atracción como parte de las celebraciones. Luego de finalizada la celebración, resultó evidente la necesidad de proteger este patrimonio para las futuras generaciones, y es así como el entonces presidente de la República, Don Ricardo Jiménez Oreamuno, emite un Decreto Presidencial que funda un Museo Histórico Etnográfico en la Ciudad de Cartago (Decreto Ejecutivo No.28 del 9 de Enero de 1933).

Durante el año 2009 se realizó mucho esfuerzo investigativo, que desembocó en la modificación de la estructura de exhibición del museo, para finalizar en el montaje que se puede apreciar actualmente. Buena parte del primer semestre del 2010, se empleó en informar y coordinar con las autoridades del colegio y del Ministerio de Cultura y Juventud, con el fin de realizar los cambios en la planta física necesarios para que se pudiese realizar el montaje en una de las salas del Museo.

Ya desde el 2009 el Museo Nacional de CR había facilitado filtros UV para todos los ventanales y se había removido la estantería vieja, llena de comején. Pero era necesario todavía hacer un cambio profundo, eliminando un aula que utilizaba la mitad del espacio de la primera sala de exhibición. Luego de localizar el aula en otra zona del colegio, se logró demoler varias paredes agregadas que no correspondían al diseño original, limpiar el espacio y pintarlo adecuadamente. De esta manera, la primera sala tomó nueva vida, y permite disfrutar de la exhibición plenamente.