El Museo Histórico Cultural Juan Santamaría (MHCJS) es una institución adscrita al Ministerio de Cultura y Juventud. Lleva el nombre "Juan Santamaría" en honor al héroe nacional. Ocupa el edificio de la Antigua Cárcel de Alajuela. Por Ley No. 7895, del 30 de julio de 1999, también le fue asignado el edificio del Antiguo Cuartel de Armas, ambos construidos en la segunda mitad del siglo XIX y declarados Patrimonio Histórico y Arquitectónico de la Nación.

El 8 de diciembre de 1978 se realizó un acto formal y simbólico que dio inicio al proceso de remodelación del edificio que ocupaba la antigua cárcel, sede del Museo. La remodelación de este edificio, estuvo a cargo del Club de Leones de Alajuela. Los trabajos se prolongaron desde enero de 1979 hasta marzo de 1980.

Las colecciones del Museo están constituidas por materiales que testimonian aspectos históricos relacionados con la guerra centroamericana librada contra el invasor filibustero Willian Walker en 1856-1857: óleos, retratos, documentos, armas y objetos diversos vinculados con esa gesta heroica. El Museo ha asumido su tarea como un compromiso cívico y comunitario.  Por su labor de promoción cultural, ha sido objeto de diversos reconocimientos.

Entre las principales funciones del museo destacan el mantener vigente en la memoria colectiva del pueblo costarricense la gesta heroica protagonizada contra Walker, también le compete asumir una función valorativa del patrimonio cultural alajuelense y brindar alternativas de disfrute y participación  comunitaria  en el quehacer  histórico, educativo, artístico y cultural en general.

Servicios: 

• Visitas guiadas: Didáctica, teatralizada y a exhibiciones temporales
• Exhibiciones Permanentes y Temporales
• Actividades educativas
• Centro de Documentación
• Publicaciones
• Sala de Juegos
• Galería

​Fuente de texto e imágenes: Sitio web del Museo.